刘牢之接替了王恭督兖、青、冀、幽、并、徐、扬七州及晋陵的军务，成为北府军的统领，可是朝庭并未授他刺史之职，刘牢之以辅国将军(三品)领军。
谢琰以徐州刺史的身份出镇京口，由右将军(三品)升为卫将军(二品)，名义上军权归刘牢之所掌，但谢琰的品阶却高于他，实际上分走了刘牢之的军权。
司马道子为了能控制北府军，特意将刘牢之的亲家高素调任徐州卫府司马，这样一来，北府军的职权便有些模糊不清了。
北府军平叛是派谢琰领兵还是刘牢之，司马元显犹豫不决，从声望上讲，谢琰是谢安之子，曾独自领军参加过淝水之战，官至尚书右仆射，刘牢之远不能及。但刘牢之是北府骁将，统军平叛要强过谢琰。
丹阳尹司马恢之见司马元显茫然无措，提醒道：「事关重大，何不问过大王再做决断？」
司马元显驱车来到会稽王府，司马道子也得知三吴叛乱之事，正准备叫司马元显问询。
事关朝庭安危，司马家族的身家性命，父子俩抛开嫌隙，商议出兵平叛之事。要知道孙恩以征东将军的名义向天子上疏，请诛杀司马道子父子，为叔父孙泰报仇。
得知儿子为难不知派谁前去平叛，司马道子淡然道：「孙贼看似势大，其实不过是乌合之众，北府军至定然灰飞烟灭，孤觉得派谢琰前去更好。」
危难关头，司马元显不再狂傲，恳声问道：「父王，孩儿感觉派刘牢之前去平叛把握更大些，谢琰久不统兵，怕是纸上谈兵多些，别误了国事。」
自打四月权柄被夺，司马道子久不见儿子在自己面前俯首贴耳，捋着胡须教训道：「你年纪轻，历事尚浅，这其中的道理看不清情有可原。」
「还请父亲教训。」司马元显笑道。
司马道子不紧不慢地道：「谢琰率北府军南下，朝庭便可借其手掌握北府军一部兵力；其二，谢氏在三吴地区声望颇高，此次谢邈、谢冲被害，谢琰定然会尽力为自家兄弟报仇；其三，平叛之后不妨让谢琰坐镇三吴，这样一来北府军一分为二，朝庭亦好控制。」
司马元显讨好地笑道：「父王一步三算，孩儿远不能及。」
第二天，朝庭以天子名义下旨，会稽王司马道子假黄钺(黄钺，铜斧，天子诛杀专用之器，象征掌诛杀之权)，司马元显领中军将军，掌握建康军权；以徐州刺史谢琰督吴兴、义兴军事
，讨伐逆贼孙恩。
当时，京畿四处贼偷蜂起，孙恩党羽
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